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María Julia Muñoz es Doctora en Medicina de la Facultad de Medicina de la Universidad de la República (UdelaR). Especialista en Enfermedades Infecciosas, Especialista en Salud Pública y Especialista en Epidemiología de la Facultad de Medicina, UdelaR.
Se desempeñó como Asistente en la Clínica de Enfermedades Infecciosas, Asistente en el Departamento de Medicina Preventiva y Social y como Médico de Guardia y Emergencia del Hospital de Clínicas de la Facultad de Medicina. Fue Profesora Adjunta Agregada en el Departamento de Medicina Preventiva y Social. Ocupó el cargo de Gerente General Técnico del Centro de Asistencia del Sindicato Médico del Uruguay (CASMU).
Ejerció como Secretaria General de la Intendencia de Montevideo durante dos períodos de gobierno con el Intendente Mariano Arana. En la Intendencia fue directora de la División Alimentación, ocupó el directorio de CONAPROLE por la IM y fue directora general de Recursos Humanos y Materiales. Fue ministra de Salud Pública designada por el Presidente electo, Tabaré Vázquez, tras las elecciones nacionales de octubre de 2004. Desde el año 2011 al 2015 fue presidenta de la Comisión Honoraria de Lucha contra el Cáncer.
En el año 2015 fue designada Ministra de Educación y Cultura.